Para encontrar algún tipo de explicaciones sobre los antecedentes que derivarían en el secuestro de los 9 estudiantes y el profesor de La Cantuta es imposible dejar de hablar de la situación de las universidades públicas. En los últimos años pasaron por etapas de discusión, radicalización, presencia subversiva, militarización y protesta antifujimorista. La CVR dice:

...ha sido una institución referencial en el surgimiento de proyectos subversivos —en especial del Partido Comunista del Perú Sendero Luminoso (PCP-SL)— y porque significó un espacio de interés estratégico tanto para la difusión de su ideología como para la captación y reclutamiento de militantes entre sus estudiantes y docentes. Esto provocó que estas instituciones fueran estigmatizadas y, en cierto sentido, violentadas tanto por aquellos como por el Estado.

Marco Condori, de Imaginacción, preparó un documental con testimonios de estudiantes de distintas generaciones sobre este proceso.